Ketentuan tentang desa adat dalam UU Desa membawa harapan baru bagi pengakuan masyarakat adat di Indonesia. Namun dalam implementasinya, berdasarkan penelitian tentang penetapan desa adat di Kabupaten Siak, Riau, masih menghadapi berbagai tantangan, antara lain belum adanya regulasi dalam pengubahan status desa menjadi desa adat, tidak adanya pengawasan dari pemerintah provinsi atau pusat, dan penyederhanaan proses penetapan desa adat ke dalam proses-proses administratif yang belum dapat merepresentasikan kompleksitas dinamika sosial masyarakat.
Tata pemerintahan desa di Indonesia terus menerus mengalami perubahan, seiring dengan perubahan era atau rezim pemerintahan. Hal ini tampak pada besar kecilnya kewenangan desa, mulai dari era Kolonial Belanda, era Demokrasi Terpimpin (Orde Lama), Orde Baru, hingga era Reformasi. Adanya perbedaan kewenangan desa dalam setiap era tersebut terjadi, karena masing-masing memiliki pendekatan yang berbeda dalam hal pemberian wewenang kepada pemerintah desa.
